Promu comté-pairie en 1297 puis duché, l'Anjou fut apanagé à des princes prestigieux, plus souvent préoccupés par l'extérieur, mais le particularisme local survécut si bien que la " coutume " d'Anjou, jusqu'alors traditionnelle, fut rédigée. La prospérité angevine du XIIIè siècle fut sans lendemain car une terrible période de crise lui succéda que ce soit dans l'Eglise opposée aux excès de l'autorité et de la fiscalité pontificale ; ou par la perte du prestige de sa monnaie supplantée par celle royale ; par une crise d'autorité qui mena les nobles à participer aux ligues seigneuriales de 1314, par de mauvaises récoltes qui amenèrent crise agricole, famine (donc une population moins résistante à la peste noire de 1348) et par la guerre de cent ans au cours de laquelle l'Anjou faillit être cédé à l'Angleterre. Le contraste entre les rêves grandioses des Ducs et la misère de l'Anjou soulignèrent les contradictions d'une province qui se refusait à mourir tout en ayant pris conscience de son inéluctable destin, à savoir la reprise du duché par la royauté en 1480. Cette influence royale s'étendit dans tous les domaines, y compris sur l'Eglise, et s'imposa au XVè siècle. Les divers princes royaux qui, jusqu'à la Révolution, portèrent encore, souvent dès le berceau, le titre de Duc d'Anjou, n'en eurent que l'honneur sans l'autorité.
La coutume d'Anjou fut définitivement codifiée en 1508, et la prééminence de la justice royale fut affirmée par les " Grands Jours " de 1532 : le Présidial d'Angers fut institué en 1552. Après deux siècles de dépression, l'Anjou se remit vite de la guerre et la prospérité revint. Dans le contexte de l'expansion économique du XVIè siècle, la région apparut comme privilégiée. L'historien angevin Jehan de Bourdigné la dépeint comme un pays " abondant à tout ce qui est nécessaire à la vie humaine " : son vignoble, sa culture riche en grains et en fruits, son élevage intensif, sa richesse industrielle (carrières et ardoisières). La renaissance des arts et lettres accompagnèrent ce réveil économique : floraison de résidences princières et bourgeoises, renommée de son artisanat (gravure - orfèvrerie), enrichissement littéraire (apogée de l'Université d'Angers et introduction, en 1477, de l'imprimerie) et à laquelle se juxtaposa la vogue inquiétante de la sorcellerie. Mais à côté de cela, les disparités sociales s'accentuèrent notamment par le poids des impôts trop lourds aux humbles. Pendant ce temps, le XVIè siècle vit grandir le péril protestant. L'apparition des premiers martyrs huguenots, dès 1552, à Saumur aboutit à la " journée des mouchoirs " qui inaugura la guerre civile. La répression fut ordonnée : villes et campagnes furent disputées et dévastées. La création de la Ligue, en 1567, trouva de nombreux partisans en Anjou. L'abjuration d'Henri IV ne suffit pas à désarmer les ligueurs angevins, soutenus par le Duc de Mercoeur. Il fallut attendre l'Edit de Nantes, préparé à Angers par Henri IV, pour que 1598 vit le retour à la paix en laissant Saumur aux protestants, libres de leur culte (jusqu'à la révocation de l'Edit de Nantes en 1685) : l'Anjou pouvait encore une fois se relever de ses ruines ! Mais les XVIIè et XVIIIè siècles furent funestes pour la région.